Program Magister (s2) berdasarkan surat izin penyelenggaraan Program Studi baru Departemen Pendidikan Nasional Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi No. 10/D/T/2006, Universitas Tanjungpura di Izinkan menyelenggarakan Program Magister (S2) Teknik Elektro dan saat ini sudah terakreditasi B oleh BAN PT dengan No. SK.542/SK/BAN-PT/Akred/M/II/2018. Lulusan Program Studi ini bergelar akademik Magister Teknik (MT).